Komisia realizuje dlhoročné výskumné projekty na témy, ktoré doposiaľ neboli uspokojivo a komplexne spracované vo vedeckom výskume. Medzi najdôležitejšie projekty patria:

• Dejiny Spiša – projekt, ktorý doposiaľ priniesol tri rozsiahle publikácie mapujúce stav výskumu tohto regiónu a predstavujú vedecky bezprecedentné uchopenie jeho dejín od najstarších čias po rok 1918;
• Orava. Dejiny a súčasnosť – projekt venovaný dejinám a kultúre Oravy;
• Poľsko-slovenský slovník – projekt, ktorý má za cieľ vyplniť biele miesto v poľsko-slovenskej lexikografii a reagovať na dopyt a potreby zo strany prekladateľov, študentov a širokej verejnosti