Komisja realizuje wieloletnie projekty badawcze dotyczące zagadnień, które nie zostały dotychczas w sposób wyczerpujący i kompleksowy opracowane w pracach naukowych. Do najważniejszych przedsięwzięć należą:

• Dzieje Spisza – projekt, którego efektem są na dzień dzisiejszy trzy obszerne publikacje, mapujące stan badań nad tym regionem i prezentujące bezprecedensowe w nauce ujęcie jego historii od czasów najdawniejszych po 1918 rok;
• Orawa. Historia i współczesność – projekt poświęcony historii i kulturze Orawy;
• Słownik polsko-słowacki – projekt w trakcie realizacji, mający na celu zapełnienie istotnej luki w leksykografii polsko-słowackiej, bardzo istotny również ze względu na praktyczne potrzeby tłumaczy, osób studiujących i innych zainteresowanych.