Polsko-Słowacka Komisja Nauk Humanistycznych przy Ministerstwie Edukacji i Nauki Rzeczpospolitej Polskiej i Ministerstwie Szkolnictwa, Badań, Rozwoju i Młodzieży Republiki Słowackiej powołana została w oparciu o ogólne zapisy umowy międzyrządowej o współpracy kulturalnej i naukowej pomiędzy obu krajami z dnia 10 września 1991 roku oraz Porozumienie o współpracy między Ministerstwem Edukacji Narodowej RP i Ministerstwem Szkolnictwa RS na lata 1995-1998 z dnia 16 czerwca 1995 roku. Statut Komisji został przyjęty w dniu 9 września 1997 roku.

Umowę z 1991 roku zastąpiła Umowa z dnia 23 marca 2000 roku. Postanowienia dotyczące Komisji zostały zawarte w Programie współpracy między Ministerstwem Edukacji Narodowej i Sportu RP a Ministerstwem Szkolnictwa RS na lata 2003-2006 (sporządzonym w Warszawie dnia 20 grudnia 2002 roku) - automatycznie przedłużanym na kolejne lata.

Do najważniejszych zadań Komisji należą rozwijanie współpracy polsko-słowackiej oraz prowadzenie badań dotyczących związków Polski i Słowacji. Komisja organizuje coroczne posiedzenia, których częścią są konferencje naukowe z udziałem specjalistów z zakresu relacji polsko-słowackich, reprezentujących przede wszystkim dyscypliny: językoznawstwo, literaturoznawstwo, historia, nauki o religii i kulturze, etnologia i antropologia kulturowa. Wyniki prac Komisji są publikowane w roczniku „Kontakty” oraz monografiach wieloautorskich.